Unter Verwendung von CompassR ergeben die Rekombinationsstrategien 2GenReP und InSiReP organische Lösungsmittel-tolerante Enzyme

04.12.2020
 

Herzlichen Glückwunsch Haiyang Cui zu seiner Publikation!

In der neuen Veröffentlichung von Haiyang (Ocean) wurde unter Verwendung von CompassR (Computer-assisted Recombination) 15 vorteilhafte Substitutionen in der Bacillus subtilis Lipase A (BSLA) kombiniert und untersucht, welche die Resistenz gegen das organische Co-Lösungsmittel 1,4-Dioxan verbessern. CompassR wurde als Auswahlinstrument entwickelt, um Substitutionen zu identifizieren, die kompatibel sind und auf vorteilhafte Weise kombiniert werden können. Allerdings wurde die Frage, wie der Proteinsequenzraum effizient untersucht werden kann, wenn zehn oder mehr vorteilhafte Substitutionen identifiziert werden, noch nicht beantwortet. In dieser Arbeit wurden zwei Strategien, 2GenReP (two gene recombination process) und InSiReP (in silico guided recombination process), zur Rekombination vorteilhafter Substitutionen, die durch CompassR-Analyse ausgewählt wurden, verglichen. Ziel ist es, den experimentellen Aufwand zu minimieren und die Verbesserung der Eigenschaften zu maximieren. Durch den Einsatz beider Strategien wurde bei geringem Screening-Aufwand (weniger als 300 Klone) eine BSLA Variante mit 6 Substitutionen identifiziert, die sich durch erhöhte Stabilität gegen eine Reihe von Lösungsmitteln auszeichnet (bis zu 14,6-fache Stabilitätsverbesserung in organischen Co-Lösungsmitteln).

Diese Arbeit wurde in der Computational Biology Gruppe durchgeführt und wurde durch Rechenleistung vom JARA-HPC der RWTH Aachen University unterstützt. Haiyang Cui wird durch ein China Scholarship Council (CSC) Stipendium finanziell unterstützt.

Zugang zu der Publikation finden Sie unter Publikationen und Patente und unter

Cui, H., Jaeger, K., Davari, M..D. and Schwaneberg, U. (2020), CompassR yields highly organic solvent‐tolerant enzymes through recombination of compatible substitutions. Chem. Eur. J.. Accepted Author Manuscript. https://doi.org/10.1002/chem.202004471

  Übersicht über die Rekombinationsstrategien 2GenReP und InSiReP. Urheberrecht: Bio VI  

Abbildung Übersicht über die Rekombinationsstrategien 2GenReP und InSiReP.